1.招生对象和招生方式不同。会计硕士专业学位招生对象为具有国民教育系列大学本科毕业（一般应具有学士学位）、从事会计或相关领域实际工作两年以上者，所有报考者需参加每年10月前后的联考，考试难度较低且录取比例可能会比较高（2004年首届试点可能稍低），而会计学硕士招生对象主要包括国家承认学历的应届本科毕业生，或具有国家承认的大学本科毕业学历的人员，或获得国家承认的大专毕业学历后经两年或两年以上（从大专毕业到下一年的九月），达到与大学本科毕业生同等学力（各校对专科生考生可能提出其他具体的业务要求），除保送生外，其他报考人员需参加全国每年于元月份前后举行的统考，考试科目包括政治、外语、专业基础（一般为数学三或数学四）以及会计综合（包括财务会计、财务管理、管理会计、审计等），难度较高且录取比例相对较低；
2.在学费上有较大差距。会计硕士入学门槛底是以其较高学费为前提的，会计学硕士计划内统招生目前一般不收费或者面向在职人员收取一定的费用（据了解，研究生收费尚待进一步改革和完善），而会计硕士，相比而言，可能是一种花费更大的学位硕士。据我们了解，北京多所名牌大学首届会计硕士预计收费可能高达5－6万元（2万元/年），外地院校如湖南大学、中南财经大学等则预计三年总的学费为3－4万元左右（1－1.5万元/年）；
3.在学习方式上有很大区别。会计硕士不同于一般意义上的会计学硕士学历教育。会计学硕士，一般要求全职学习（在职人员当然也可以选择在职学习），学习期间可以转档案、人事、工资、户口关系，学习期间管理较为严格；而会计硕士作为学位教育，全部面向在职人员，学习期间，一边工作一边学习，学习期间也不转档案、人事、工资、户口关系；
4.课程设置上有较大区别。会计学硕士作为学历教育，重点是基础教育、素质教育和专业教育，偏重理论知识的掌握和学习，如财务理论、会计理论、审计理论、国际会计等会计相关知识，会计硕士作为职业教育，则更多偏重于实务，学习的目的是为了解决实际工作中的问题；
5.毕业证和学位证有区别。会计学硕士既有管理学硕士学位证，也有会计学硕士研究生毕业证，而会计硕士则只颁发国务院学位办统一印制的《会计硕士专业学位证书》，有会计硕士专业学位证，没有毕业证。
